Com a Independência, é elaborada a “Tabela de Nova Organização, que transforma o 3º Regimento de Fuzileiros da Corte, em 4º Batalhão de Caçadores, com sede no Rio de Janeiro.

Em 1824, eclode, em Pernambuco o movimento republicano, separatista, conhecido como a “Confederação do Equador”. Para combate-lo, parte do Rio de Janeiro a 3ª Brigada de Infantaria, sob o comando do Brigadeiro Francisco de Lima e Silva (pai do Duque de Caxias). Integrando esta Brigada, lá estava o 4º Batalhão de Caçadores.

No ano seguinte, vamos encontrar o 4º Batalhão, agora de Infantaria Ligeira, participando da guerra contra a Argentina (1824-1828), onde destacou-se de maneira marcante no combate de Passo do Rosário, retornando para o Rio de Janeiro somente em 1832.

Novas denominações foram sendo dadas a esta unidade. Em decreto de 2 de agosto de 1832, passa denominar-se 2º Batalhão de Caçadores, em 19 de abril de 1851, passa a ser o 10º Batalhão e no ano seguinte, em 30 de setembro, denominar-se-á 9º Batalhão de Caçadores, com sede em Recife.

Ao deflagrar-se a Guerra da Tríplice Aliança, o 9º Batalhão segue para o teatro de operações, integrando a 9ª Brigada de Infantaria. Permaneceu no teatro de operações por cinco anos, participando de inúmeros combates onde sempre foi destaque. Na Batalha Naval de Riachuelo, combateu como tropa embarcada. Prosseguiu combatendo em: Potrero Obella, Tayi, Estero Bellaco, Piquiciri Avai onde tombou seu comandante, o Tenente-Coronel Francisco de Lima e Silva, atual Patrono do 62º Batalhão de Infantaria, de Joinvile. Assume, então, o comando do Batalhão o Major Floriano Vieira Peixoto, futuro Presidente da República. Sob este comando, o 9º Batalhão participou dos combates de Lomas Valentinas, Itá-ibaté, Angostura, Peribebui, Campo Grande e por fim esteve presente em Cerro Corá, onde tombou o Marechal Francisco Solano Lopes, Presidente do Paraguai, dando fim a guerra.

O 9º Batalhão, retorna ao Brasil, em 1870, tendo como destino Recife. Agora com a denominação de Batalhão de Infantaria Ligeira. Permanece na guarnição até 1888, quando é transferido para Salvador, na Baía, com a denominação de 9º Batalhão de Infantaria (Dec 10.015, de 18 de agosto de 1888).

É este 9º Batalhão de Infantaria que, nos idos de 1896-1897, participou ativamente de todas operações contra a Insurreição de Canudos, no sertão baiano. Uma sua Companhia, sob o comando do Tenente Manoel da Silva Pires Ferreira constituiu a 1ª Expedição, travando encarniçado combate corpo-a-corpo com os jagunços, em Uauá, em 21 de novembro de 1896. Contribuiu com a maioria do efetivo da 2 ^ªExpedição, sob o comando do Major Febrônio de Brito. Eram ao todo 500 homens armados de Camblain e Manlinchen, mais dois canhões Krupp e duas metralhadoras Nordenfeldt, que enfrentaram os insurretos no combate de Mulungu, por cinco horas, e no dia seguinte foram levados a enfrentar cerca de 4.000 jagunços dos quais 800 ficaram no campo de batalha.

Um mês depois, retorna o 9º Batalhão de Infantaria, agora com todo o seu efetivo, sob o comando do Coronel Tamarino, integrando a Brigada do Coronel Antônio Moreira Cesar. Constituindo a ala direita da Brigada, o 9º Batalhão investe contra Canudos. Lamentavelmente, após sete horas de combate encarniçado, tomba mortalmente ferido o Coronel Moreira Cesar, tendo o Coronel Tamarino assumido o comando das operações. No dia seguinte, após violento ataque dos insurretos é ordenada a retirada. Uma massa humana investe contra o 9º Batalhão e a retirada resulta em uma desastrosa debandada. O Coronel Tamarino cai ferido. É aprisionado, empalado e degolado pelos jagunços.

Os insucessos do 9º Batalhão foram conseqüências do pouco caso que o Império tinha com suas Forças Armadas, após a Guerra da Tríplice Aliança, deixando-as sucateada, mal armadas e mal equipadas. As reformas do início da república não chegaram a sanar estas deficiências.

Apesar do insucesso do Coronel Tamarino, nas operações do cerco final a Canudos lá estava, o 9º Batalhão, combatendo até a vitória final.

Na grande reestruturação do Exército, em 1908, foram reunidos sob a denominação de 5º Regimento Infantaria, os efetivos do 9º Batalhão de Infantaria, da Bahía, três Companhias do 33º Batalhão de Sergipe e mais três do 35º do Pauí. Sua sede passou a ser Porto União, em Santa Catarina, sendo ano seguinte transferido para Ponta Grossa, no Paraná.

Por ocasião da Campanha do Contestado (1912 – 1916), o 5º Regimento esteve sempre presente. Sob o comando do Coronel Sebastião Basílio Pyrrho, constituiu a base da expedição mandada para aquela região, logo após o fracasso do Regimento de Segurança Pública do Paraná, diante dos jagunços do “monge” José Maria. Participou ainda das expedições de dezembro de 1913 e de 1914. Nesta última juntamente com os 4º e 6º Regimentos de Infantaria e mais o 54º Batalhão de Caçadores.

Durante estas expedições, as tropas do 5º Regimento foram destaque nos combates de Taquaruçu e Caraguatá.

Por ocasião da operação de cerco que pôs fim `insurreição, o 5º Regimento, sob o comando do Coronel Pyrrho, foi a base da Linha Oeste, impedindo a fuga dos insurretos para o oeste, assim como manteve a segurança do tráfego ferroviário, um dos eixos de suprimento para as forças federais.

Após a Campanha do Contestado, em 1917, o Regimento teve sua sede transferida para Florianópolis. Onde após dois anos, em 1919, o Regimento foi desmembrado em três unidades. O 13º Batalhão de Caçadores, com sede em Joinvile, o 14º Batalhão de Caçadores, em Florianópolis e o 5º Regimento de Infantaria, ao qual não foi distribuído efetivo. Assim ficou até 1925 quando foi transferido para Lorena, onde recebeu seu efetivo.

Durante a Revolução de 1924, o 13º Batalhão de Caçadores seguiu para São Paulo, tendo sido destaque no combate de Cambucy, onde tombou seu comandante, o Tenente-Coronel Gustavo Maria de Andrade Santiago.

Em 1930, por ocasião da Revolução que levou Getúlio Dornelles Vargas a Presidência da República, o 13º Batalhão seguiu para o Rio de Janeiro, em apoio ao movimento, comandado pelo Capitão Manoel Caldas Braga, em lugar de seu comandante, preso por não haver aderido.

Na Revolução Constitucionalista de 1932, foi levado para São Paulo integrando as forças legalistas. Por ocasião da 2ª Guerra Mundial, um efetivo de 201 homens do 13º Batalhão de Caçadores, integrou a Força Expedicionária Brasileira, recompletando as unidades integrantes da 1ª Divisão de Infantaria Expedicionária. O 14º Batalhão também veio a contribuir com um pequeno efetivo, para este recompletamento.

Em 1972, em função da reestruturação do Exército, os Batalhões de Caçadores passaram a denominar-se: 62º Batalhão de Infantaria (o 13ºBC) e 63º Batalhão de Infantaria ( o 14ºBC). O 5º Regimento, de Lorena passou a denominar-se 5º Batalhão de Infantaria.

Por suas tradições históricas, o 62º Batalhão passou a denominar-se “Batalhão Francisco de Lima e Silva” e o 63º, “Batalhão Fernando Machado”.

Neste mesmo ano, o 62º Batalhão foi agraciado com seu Estandarte Histórico assim como recebeu a concessão de seu Distintivo.

Recebe em 1994 a “Ordem do Mérito Militar” e em 1996 foi-lhe concedido o direito do uso de seu uniforme histórico, o do Regimento de Moura.

O soldado brasileiro, formado nas lutas em defesa de sua integridade territorial durante o período colonial, nas lutas pela sua soberania, após a Independência e em sua participação em defesa das democracias, no teatro de operações da Itália, muito deve aos soldados portugueses que aqui estiveram no cumprimento de seu dever. Temos orgulho destas tradições, como demonstram os estandartes, os brasões, as denominações históricas e o uso dos uniformes portugueses em suas datas festivas.

Os Regimentos de Moura, Bragança e Estremoz muito contribuíram para a formação do infante brasileiro que complementou as qualidades herdadas, com as suas experiências no campo de batalha, ou em operações de paz em que veio estar presente após a Independência.